Vain noin neljä prosenttia positiivisista koronavirus­näytteistä on pystytty tutkimaan muunnosten varalta: ”Joulukuun jälkeen tahtia on tiivistetty” - Kotimaa | HS.fi

Vain noin neljä prosenttia positiivisista koronavirus­näytteistä on pystytty tutkimaan muunnosten varalta: ”Joulukuun jälkeen tahtia on tiivistetty”

Jokaista positiivista koronavirustestitulosta ei pystytä Suomessa erikseen tutkimaan virusmuunnosten varalta. Pcr-testien avulla jatkotutkimukset kuitenkin pystytään kohdentamaan niihin tuloksiin, joissa on tietty brittimuunnokselle tyypillinen geenipuutos.

Koronavirusnäytteiden analysointi Husin Koronakeskuksessa. Koronakeskus muodostuu Huslab virologian laboratoriosta Meilahdessa sekä SYNLAB Suomi Oy:ltä vuokratusta Kivihaan automaatiolinjastosta.­

15.1. 17:07

Suomen positiivisista koronavirusnäytteistä vain nelisen prosenttia on tähän mennessä pystytty tutkimaan virusmuunnosten varalta, Terveyden ja hyvinvoinnin laitokselta (THL) kerrotaan.

”Meillä on tähän asti koko epidemian ajalta sekvensoitu noin neljä prosenttia kaikista positiivisista tuloksista. Joulukuun jälkeen tahtia on tiivistetty ja se tulee vielä kasvamaan”, sanoo THL:n asiantuntijamikrobiologiayksikön yksikönpäällikkö Carita Savolainen-Kopra.

Suomesta on perjantaihin 15. tammikuuta mennessä löytynyt 61 muuntuneiden koronaviruskantojen aiheuttamaa koronavirustartuntaa. Näistä kaksi on eteläafrikkalaisen muunnoksen aiheuttamia ja loput brittivarianttia.

THL:n ylilääkäri Taneli Puumalainen kertoi torstaina 14. tammikuuta tiedotustilaisuudessa, että kaikkia positiivisia koronatestituloksia ei Suomessa pystytä testaamaan muunnosten varalta. Kaikki ulkomailta tulevat tartunnat kuitenkin tutkitaan.

Lue lisää: Kolmen virusmuunnoksen aiheuttaman tartunnan alkuperää ei ole onnistuttu selvittämään, valtaosa yhdistetty matkailuun

Positiivisia koronavirusnäytteitä jatkotestataan sekvensoimalla niitä. Tällä menetelmällä näytteestä pystytään selvittämään viruksen ”historia” eli se, mitä kantaa virus on.

Huslabin ja Helsingin yliopiston virologian laboratorion yhteistyönä tutkitaan Hus-alueen positiivisia koronanäytteitä. Muiden sairaanhoitopiirien sekvensointi tehdään tällä hetkellä THL:ssä. Savolainen-Kopra kuitenkin kertoo, että Turun yliopistollisen keskussairaalan Tyksin kliinisen mikrobiologian laboratorio ja laboratoriopalveluita tarjoava Fimlab ovat aloittamassa sekvensoinnin.

”Lisäksi Suomen molekyylilääketieteen instituutti on mukana. Sieltä on mahdollista ostaa lisäkapasiteettia. Olemme jo ostaneet”, kertoo Savolainen-Kopra.

Virusmuunnoksia on havaittu ympäri Suomea, mutta vielä toistaiseksi ne ovat keskittyneet matkailijoiden pariin.

”Pääosin ne ovat tulleet rajatestauksesta. Loput ovat pääasiassa näiden tapausten kontakteja”, kertoo Savolainen-Kopra.

Tähän mennessä Suomesta on löytynyt kolme tapausta, joissa virusmuunnosta ei ole pystytty jäljittämään matkailijoihin tai heidän kontakteihinsa. Savolainen-Kopra kertoo, että näissä tapauksissa jäljitys on kuitenkin yhä kesken.

”Jos rupeaa löytymään millään lailla matkustamiseen liittymättömiä tapauksia se on merkki siitä, että leviämistä yhteiskunnassa tapahtuu. Siinä vaiheessa täytyy miettiä, kuinka suuri osa sekvensoinnin kohdennuksesta kannattaa suunnata rajalle.”

Positiivisia näytteitä jatkotestataan myös erillisellä pcr-testillä sekä THL:ssä että Huslabissa. Pcr-testi on sekvensointia nopeampaa ja se toimii eräänlaisena tapana seuloa sekvensointiin valittavat näytteet.

”Se antaa viitettä siitä, että näyte saattaa sisältää varianttivirusta. Tätä tullaan käyttämään sekvensointiin ohjattavien näytteiden valintaan”, sanoo Savolainen-Kopra.

Joskus testausta voidaan nopeuttaa niin sanotulla poolauksella eli useamman näytteen tutkimisella samaan aikaan. Sekvensoinnissa menetelmää ei kuitenkaan voida käyttää, eikä se pcr-testauksessakaan välttämättä säästäisi lainkaan aikaa tai resursseja.

”Poolausta voidaan käyttää yleensä sellaisessa tilanteessa, jossa havaittujen positiivisten oletettu osuus on matala. Siinä vaiheessa jos lähdetään jo tiedettyjä koronanäytteitä poolaamaan, tulee hankaluuksia, sillä poolien purkamisessa on jo enemmän työtä”, kertoo Savolainen-Kopra.

Helsingin ja Uudenmaan sairaanhoitopiirin Husin alueella Britannian virusmuunnosta on havaittu jonkin verran, suurimmaksi osaksi matkailijoilla.

”Valitettava tosiasia on, että brittimuunnosta löytyy meidän positiivisista aineistoistamme jonkin verran”, kertoo Husin diagnostiikkajohtaja Lasse Lehtonen.

Lehtonen kertoo, että Huslabissa käytännössä kaikki koronavirusnäytteet tutkitaan pcr-testillä. Britannian virusmuunnoksesta puuttuu tiettyjä geenipätkiä, esimerkiksi S-geeni, jonka puute havaitaan Husissa eniten käytetyllä pcr-testillä.

Sekvensointi voidaan näin kohdistaa S-geeninegatiivisiin näytteisiin, joita on tällä hetkellä noin 2,5 prosenttia kaikista Hus-alueen positiivisista koronatestituloksista. Näin voidaan selvittää, mitä tyyppiä virus on.

”Aika hyvin päästään siihen, että kaikki S-geeninegatiiviset testitulokset positiivisista näytteistä pystytään tyypittämään ja varmistamaan, mikä on brittivariantin osuus”, kertoo Lehtonen.

”Jos positiivisten määrä lähtee voimakkaasti nousuun, niin kapasiteetti tyypitykseen jossain vaiheessa loppuu. Siinä vaiheessa on tärkeämpää tietää suurin piirtein kehityssuunta kuin katsoa absoluuttisia lukuja.”

Lehtosen mukaan Suomi saa tärkeää tutkimustietoa esimerkiksi Tanskasta, jossa brittivariantin esiintyvyyttä on seurattu joulukuusta saakka.

”Brittivariantin esiintyvyys [Tanskassa] on kasvanut aika nopeasti. Se on kutakuinkin kaksinkertaistunut viikoittain”, kertoo Lehtonen.

”Katsotaan nyt, miten Suomessa käy. Jos meillä on parin prosentin lähtötaso, niin nähtäväksi jää, pystymmekö pitämään sen kurissa.”

Osaston uusimmat

Luitko jo nämä?

Osaston luetuimmat